Es ahora, finales del XV y principios del XVI, cuando se construye la iglesia parroquial de Santiago. La despoblación del Turrillo motivó también que el comendador de Calatrava la Vieja comprara y edificara casa en Carrión a principios del siglo XVI, a lo que se opuso la villa (se conserva copia del pleito entre la villa de Carrión y el comendador por este motivo).
La casa se acabó construyendo y con el tiempo la encomienda pasó a llamarse de «Calatrava la Vieja y Carrión».
Así se formó nuestro actual término municipal, integrado por:
- El término privativo que tenía ya desde los siglos XII y XIII, que comprendía las tierras propias de los vecinos, las tierras comunales y las tierras «de propios».
- El término del Turrillo (desde 1488) que sigue en la actualidad como bien comunal y como tal se reparte entre los vecinos.
- Las tierras de la Encomienda de Calatrava la Vieja dehesas de Calatrava, Turón y el Quintillo, más las procedentes de una mancomunidad entre los pueblos colindantes y que se adentra entre los términos de Malagón y Fernán Caballero (paraje de Campo Mojado).
Por la escritura de donación del Turrillo sabemos que Carrión era villa en ese año de 1488 y debía serlo ya años antes atrás. El concejo de la villa tenía su regimiento formado por dos alcaldes, dos regidores, el procurador del común, el alguacil y otros oficiales. Los alcaldes eran dos, uno por el estado noble y otro por los «pecheros» o estado llano. Su mandato duraba un año y se elegían por el día de San Miguel. Estos alcaldes tenían jurisdicción, es decir administraban justicia en primera instancia, una prerrogativa muy apreciada en aquella época. A lo largo del siglo XVI continuó el crecimiento de la villa de Carrión, hasta alcanzar los 440 vecinos (cerca de 2000 habitantes), y se fundó un convento de franciscanos.
Fuente histórica para conocer este periodo son las Relaciones de Felipe II. Es un cuestionario contestado por el Concejo de Carrión y cuyas respuestas contienen datos relacionados con todos los aspectos de la vida del pueblo, como gobierno, religiosidad, cultivos, caza, pesca, ermitas, población, etc. Otro hecho marcó la vida de la villa de Carrión en este periodo. A finales del siglo, Felipe II retiró la jurisdicción a las villas del Campo de Calatrava, pero más tarde les dio la posibilidad de recuperarla pagando un «servicio» pecuniario a la hacienda real. Carrión que quería recuperar la jurisdicción y no disponía de recursos para pagar el «servicio», pidió préstamos por varios millones de maravedíes y recuperó la jurisdicción, pero hipotecando bienes de «propios» y la misma jurisdicción. Como pagaba los préstamos se produjeron infinidad de reclamaciones y pleitos, con los consiguientes gastos añadidos, que terminaron con la pérdida de los propios y la jurisdicción, que pasaron a los poseedores del patronato de D. Juan Diego de Molina de Almagro. A finales del siglo XVIII el señorío pasó por venta a los Condes de Carrión, que lo detentaron hasta el siglo XIX.
